Zu Beginn waren Mikrokredite eindeutig ein Teil der Entwicklungshilfe, das heisst, die ersten Mikrokreditinstitutionen wie die Grameen Bank (Dorfbank) in Bangladesch konnten nicht kostendeckend betrieben werden. Dies, obwohl die Rückzahlungsquote bei Mikrokrediten in der Regel höher ist als bei konventionellen Bankkrediten. Noch heute ist bei der Gründung neuer Institutionen fast immer Entwicklungshilfegeld im Spiel. Es gibt aber mittlerweile eine Minderheit von etwa 500 Institutionen, die nach harten wirtschaftlichen Kriterien stabil sind und etwa 50 bis 100, die rentabel und unabhängig von der Unterstützung durch Entwicklungshilfe oder Subventionen des Staates funktionieren. Etwa 200 der grössten Mikrofinanzinstitutionen sind auch für kommerzielle Investoren aus den Industrieländern interessant.

Im Durchschnitt muss für einen Mikrokredit (auch wenn die Institution, die ihn vergibt, Entwicklungshilfegelder erhält) ein Zins von 20 bis 80% bezahlt werden. Dies deshalb, weil der Aufwand für Beratung, Abklärungen und die Abwicklung des Geschäfts fast ebenso gross ist wie für einen "grossen" Kredit. Für viele KritikerInnen sind die hohen Zinsen ein Grund, Mikrokredite als Entwicklungsstrategie abzulehnen. Die BefürworterInnen entgegnen diesem Einwand, dass die hohen Kosten solche Zinsen nötig machen, wenn die Institution Bestand haben soll. Die Zinsen, die den lokalen Geldverleihern bezahlt werden müssen, sind zudem meist mit etwa 100% pro Monat wesentlich höher. Schliesslich zeige die grosse Nachfrage nach Mikrokrediten und die Tatsache, dass die Rückzahlungsquoten sehr gute Werte erreichen, dass die Zinsen nicht zu hoch seien.