Die alle zwei Jahre stattfindende Ministerkonferenz ist das höchste Organ der WTO. Nebst den Handelsdelegierten sind auch die politischen VertreterInnen aller 148 Länder anwesend, im Falle der Schweiz ist dies der zuständige Bundesrat. An den Ministerkonferenzen werden die richtungsgebenden Entscheide gefällt. Die EvB war in Seattle 1999, Doha 2001 und Cancun (Mexiko) 2003 dabei.